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随我所想 生命科学遇上 “计算”

责任编辑:jcao 作者:曹建菊 |来源:企业网D1Net  2017-06-23 10:02:41 本文摘自:企业网D1Net

生命科学,正在以人类从未有过的速度在发展。而这其中,科学信息技术可谓助力巨大。是否会有那么一天,癌症、糖尿病等人类目前的顽症是否可以通过基因检测及后期的治疗得以攻克?在主题为 “融合创新方案,芯领精准医疗” 的第三届英特尔生命科学信息技术论坛上,答案几乎是肯定的。

癌症的基本特征是基因组的不稳定性,在长期形成过程中,细胞持续性累积可遗传变异,获得生长优势,从而在与正常细胞群体的竞争中获得优势,一步步发展为肿瘤。因此,癌症研究和诊疗的关键就是鉴定这些驱动突变,找到肿瘤发生发展的分子机制,并根据测试结果找到合理的治疗方法从而对患者实施有效的治疗。这种分子机制在生命科学发展上被称为基因测序技术。很多人不知道的是,测序技术的基础在计算。

当然,除了测试技术用到计算,在生命科学领域,精准医疗是未来的发展趋势,信息技术更是无处不在。

精准医疗行业发展的“原力是”数据,准确、海量的数据是精准医疗的重要实现条件,如何更有效地汇集、存储、管理和分析数据是精准医疗面临的关键挑战。以数据分析、云计算为主导的IT技术正与生物技术有机融合,从而实现对海量数据的提取和分析等,推动精准医疗的创新和落地。

上图为:英特尔公司全球副总裁兼中国区总裁杨旭

“精准医疗是数据驱动的科学,是生命科学、医学技术和计算技术融合的前沿领域。”英特尔公司全球副总裁兼中国区总裁杨旭表示:“对海量数据和各种形态数据的处理和分析是精准医疗的重点。英特尔是一家数据公司,不断拓展计算的边界,提供大数据、云计算、人工智能以及网络存储等尖端技术,促进精准医疗的大力发展。”

在中国,精准医疗已经成为国家层面推动和市场力量主导的一个新兴行业。中国正立于精准医疗的潮头,具备得天独厚的发展土壤。在数据的推动下,企业、医生、医院、基金组织和政府部门将紧密合作。在第三届英特尔生命科学信息技术论坛上发布了一系列创新成果。

· 博德研究所、英特尔、华大基因、阿里云和浪潮,联合宣布推出BIGstack解决方案和GATK中国社区。博德研究所开放了GATK4的源代码,并与英特尔携手利用英特尔CPU、Omni-Path Fabric和SSD开发了名为博德-英特尔基因组学堆栈(BIGstack)的突破性架构。华大基因将采用最新的GATK工具,并与阿里云合作,使客户能够在华大基因在线平台上访问GATK4、博德的工作流管理系统Cromwell以及WDL(工作流定义语言)。BIGstack——这个交钥匙解决方案将作为参考设计,通过原始设备制造商(OEM)和系统集成商来提供,浪潮是中国首家提供这个交钥匙解决方案的OEM合作伙伴。GATK中国社区将为生态系统合作伙伴提供技术支持,这些合作伙伴致力于基于GATK4、Cromwell和WDL的研究和应用。

· 英特尔与上海市儿童医院宣布启动儿童健康协作云中心,这是一个开放式平台,是双方针对儿童遗传基因组研究和数据交换应用于临床的范例。在合作伙伴的共同努力下,这个最佳数据交换框架已在上海市儿童医院、联盟医院和上海交大生物医学转化中心上线。上海市儿童医院和联盟医院利用该框架,在不同站点之间对儿童发育迟缓案例进行基因变异识别和比较。

· 诺禾致源与英特尔宣布成立基于RSD的可扩展基因组学中心。诺禾致源也开始使用基于英特尔BIGstack基因组的解决方案,其中采用了最新的英特尔CPU、NVMe和更先进的RSD设计,通过提高大规模数据处理能力以满足全球化、可扩展基因组数据中心模式的需求。

· 华大基因推出采用英特尔FPGA的基因组一体机。英特尔和华大基因联合设计基于FPGA的基因组数据分析一体机。基于FPGA的基因一体机加速了基因分析流程,提供更高的计算性能和更低的能耗,满足中国基因组学研发对基因组数据处理的最新要求。

· 基因组一体机联合实验室宣布成立。它是英特尔精准医疗伙伴计划的下属联盟,浪潮、UEC、华大基因、聚道科技、阿里云、Falcon和安诺优达与英特尔合作,为医院和研究机构客户开发基因组学设备,以便处理本地数据分析需求,并提供更好的用户体验和出色的性能。英特尔支持基因组学设备联合实验室的成员,在BIGstack参考设计的基础上构建自己的解决方案,联合实验室将提供包括至强E5 V4、SSD、OPA和FPGA在内的全新英特尔架构产品和技术。

上图为:英特尔医疗与生命科学集团亚太区总经理李亚东

英特尔医疗与生命科学集团亚太区总经理李亚东说:“作为一家数据公司,英特尔在精准医疗领域具有独特价值。通过提供高效的计算、存储和传输技术,包括英特尔®至强®处理器与至强融核®处理器、高速的非易失性内存技术和超高速以太网互联技术等,英特尔与合作伙伴齐心协力实现计算能力的发掘和释放。针对如何进行大规模、安全、高效的数据分析,英特尔还持续为各种分析场景提供算法级的优化、并在FPGA加速引擎方面加速投入,促进机器学习和人工智能技术有效应用在精准医疗中,为精准医疗开辟广阔而充满机遇的航道。”

关键字:计算芯片

本文摘自:企业网D1Net

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随我所想 生命科学遇上 “计算”

责任编辑:jcao 作者:曹建菊 |来源:企业网D1Net  2017-06-23 10:02:41 本文摘自:企业网D1Net

生命科学,正在以人类从未有过的速度在发展。而这其中,科学信息技术可谓助力巨大。是否会有那么一天,癌症、糖尿病等人类目前的顽症是否可以通过基因检测及后期的治疗得以攻克?在主题为 “融合创新方案,芯领精准医疗” 的第三届英特尔生命科学信息技术论坛上,答案几乎是肯定的。

癌症的基本特征是基因组的不稳定性,在长期形成过程中,细胞持续性累积可遗传变异,获得生长优势,从而在与正常细胞群体的竞争中获得优势,一步步发展为肿瘤。因此,癌症研究和诊疗的关键就是鉴定这些驱动突变,找到肿瘤发生发展的分子机制,并根据测试结果找到合理的治疗方法从而对患者实施有效的治疗。这种分子机制在生命科学发展上被称为基因测序技术。很多人不知道的是,测序技术的基础在计算。

当然,除了测试技术用到计算,在生命科学领域,精准医疗是未来的发展趋势,信息技术更是无处不在。

精准医疗行业发展的“原力是”数据,准确、海量的数据是精准医疗的重要实现条件,如何更有效地汇集、存储、管理和分析数据是精准医疗面临的关键挑战。以数据分析、云计算为主导的IT技术正与生物技术有机融合,从而实现对海量数据的提取和分析等,推动精准医疗的创新和落地。

上图为:英特尔公司全球副总裁兼中国区总裁杨旭

“精准医疗是数据驱动的科学,是生命科学、医学技术和计算技术融合的前沿领域。”英特尔公司全球副总裁兼中国区总裁杨旭表示:“对海量数据和各种形态数据的处理和分析是精准医疗的重点。英特尔是一家数据公司,不断拓展计算的边界,提供大数据、云计算、人工智能以及网络存储等尖端技术,促进精准医疗的大力发展。”

在中国,精准医疗已经成为国家层面推动和市场力量主导的一个新兴行业。中国正立于精准医疗的潮头,具备得天独厚的发展土壤。在数据的推动下,企业、医生、医院、基金组织和政府部门将紧密合作。在第三届英特尔生命科学信息技术论坛上发布了一系列创新成果。

· 博德研究所、英特尔、华大基因、阿里云和浪潮,联合宣布推出BIGstack解决方案和GATK中国社区。博德研究所开放了GATK4的源代码,并与英特尔携手利用英特尔CPU、Omni-Path Fabric和SSD开发了名为博德-英特尔基因组学堆栈(BIGstack)的突破性架构。华大基因将采用最新的GATK工具,并与阿里云合作,使客户能够在华大基因在线平台上访问GATK4、博德的工作流管理系统Cromwell以及WDL(工作流定义语言)。BIGstack——这个交钥匙解决方案将作为参考设计,通过原始设备制造商(OEM)和系统集成商来提供,浪潮是中国首家提供这个交钥匙解决方案的OEM合作伙伴。GATK中国社区将为生态系统合作伙伴提供技术支持,这些合作伙伴致力于基于GATK4、Cromwell和WDL的研究和应用。

· 英特尔与上海市儿童医院宣布启动儿童健康协作云中心,这是一个开放式平台,是双方针对儿童遗传基因组研究和数据交换应用于临床的范例。在合作伙伴的共同努力下,这个最佳数据交换框架已在上海市儿童医院、联盟医院和上海交大生物医学转化中心上线。上海市儿童医院和联盟医院利用该框架,在不同站点之间对儿童发育迟缓案例进行基因变异识别和比较。

· 诺禾致源与英特尔宣布成立基于RSD的可扩展基因组学中心。诺禾致源也开始使用基于英特尔BIGstack基因组的解决方案,其中采用了最新的英特尔CPU、NVMe和更先进的RSD设计,通过提高大规模数据处理能力以满足全球化、可扩展基因组数据中心模式的需求。

· 华大基因推出采用英特尔FPGA的基因组一体机。英特尔和华大基因联合设计基于FPGA的基因组数据分析一体机。基于FPGA的基因一体机加速了基因分析流程,提供更高的计算性能和更低的能耗,满足中国基因组学研发对基因组数据处理的最新要求。

· 基因组一体机联合实验室宣布成立。它是英特尔精准医疗伙伴计划的下属联盟,浪潮、UEC、华大基因、聚道科技、阿里云、Falcon和安诺优达与英特尔合作,为医院和研究机构客户开发基因组学设备,以便处理本地数据分析需求,并提供更好的用户体验和出色的性能。英特尔支持基因组学设备联合实验室的成员,在BIGstack参考设计的基础上构建自己的解决方案,联合实验室将提供包括至强E5 V4、SSD、OPA和FPGA在内的全新英特尔架构产品和技术。

上图为:英特尔医疗与生命科学集团亚太区总经理李亚东

英特尔医疗与生命科学集团亚太区总经理李亚东说:“作为一家数据公司,英特尔在精准医疗领域具有独特价值。通过提供高效的计算、存储和传输技术,包括英特尔®至强®处理器与至强融核®处理器、高速的非易失性内存技术和超高速以太网互联技术等,英特尔与合作伙伴齐心协力实现计算能力的发掘和释放。针对如何进行大规模、安全、高效的数据分析,英特尔还持续为各种分析场景提供算法级的优化、并在FPGA加速引擎方面加速投入,促进机器学习和人工智能技术有效应用在精准医疗中,为精准医疗开辟广阔而充满机遇的航道。”

关键字:计算芯片

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