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容器技术帮助推动科学研究的重现性

责任编辑:editor006 |来源:企业网D1Net  2017-07-05 16:11:22 本文摘自:solidot

BioinformaticContainers.jpg

科学家使用的一种容器技术是 Docker 。加州大学戴维斯分校生物信息学家 C. Titus Brown 介绍说,实验室开发的工具极少能拿来就用,它们通常以必须接受处理和配置的脚本或者源代码的形式存在。大多数软件需要额外的工具和程序库,但用户可能并未安装。即便用户能获得软件并运行它,计算环境的不同也会无意中改变其性能并且影响可重复性。容器通过将运行所需软件要求配置的计算环境的关键要素打包进一个轻量级的虚拟机,减少了这种复杂性。加州伯克利国家能源研究科学计算机中心计算机专家 Deborah Bard 已帮助很多研究人员在实验室的超级计算机上安装了他们的软件。她回忆说,安装用于望远镜模拟和分析的复杂软件通道之前需要三四天。利用容器则将这一时间

关键字:重现性软件研究人员

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容器技术帮助推动科学研究的重现性

责任编辑:editor006 |来源:企业网D1Net  2017-07-05 16:11:22 本文摘自:solidot

BioinformaticContainers.jpg

科学家使用的一种容器技术是 Docker 。加州大学戴维斯分校生物信息学家 C. Titus Brown 介绍说,实验室开发的工具极少能拿来就用,它们通常以必须接受处理和配置的脚本或者源代码的形式存在。大多数软件需要额外的工具和程序库,但用户可能并未安装。即便用户能获得软件并运行它,计算环境的不同也会无意中改变其性能并且影响可重复性。容器通过将运行所需软件要求配置的计算环境的关键要素打包进一个轻量级的虚拟机,减少了这种复杂性。加州伯克利国家能源研究科学计算机中心计算机专家 Deborah Bard 已帮助很多研究人员在实验室的超级计算机上安装了他们的软件。她回忆说,安装用于望远镜模拟和分析的复杂软件通道之前需要三四天。利用容器则将这一时间

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